Das Soroka Medical Center in Beerscheba erlitt schwere strukturelle Schäden, nachdem es laut Angaben von Beamten direkt getroffen wurde.
Rettungskräfte behandelten mehrere Personen wegen Verletzungen. Die genaue Anzahl der Opfer bleibt unklar.
Andernorts schlug eine weitere Rakete in der Nähe von Tel Aviv ein und beschädigte ein Hochhaus sowie umliegende Häuser.
Israel reagierte mit einer Serie von Luftangriffen auf Irans Atomreaktor in Arak.
Der iranische Außenminister bezeichnete die Raketenangriffe als Selbstverteidigungsmaßnahmen. Die Spannungen zwischen den beiden Ländern dauern nun schon seit sieben Tagen an.