Der Schritt erfolgte kurz nachdem sich die Ivy League Institution geweigert hatte, eine Reihe von Forderungen der Regierung zu akzeptieren.
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Die US-Bundesregierung hat angekündigt, dass sie Zuschüsse in Höhe von mehr als 2,2 Milliarden Dollar (1,9 Milliarden Euro) und Verträge in Höhe von 60 Millionen Dollar (52,9 Millionen Euro) mit der Harvard-Universität einfrieren wird.
Die Ankündigung erfolgte nur wenige Stunden, nachdem sich die Hochschule geweigert hatte, einer Liste von Forderungen der Trump-Regierung nachzukommen. Nach Ansicht des Präsidenten der Universität hätten sie die akademische Freiheit der Hochschule beeinträchtigt.
In einem Schreiben, das an Harvard geschickt wurde, forderte die Bundesregierung weitreichende Reformen in der Verwaltung und Führung der Universität.
Unter anderem forderte sie, alle Programme für Vielfalt, Gleichstellung und Integration an der Hochschule zu beenden.
Die Bundesregierung erklärte, dass fast neun Milliarden Dollar (7,9 Milliarden Euro) an Zuschüssen und Verträgen in Gefahr seien, wenn Harvard den Forderungen nicht nachkomme.
Zu Wochenbeginn erklärte Harvard-Präsident Alan Garber dann jedoch, die Universität werde sich der Regierung nicht beugen.
"Die Universität wird ihre Unabhängigkeit oder ihre verfassungsmäßigen Rechte nicht aufgeben", schrieb Garber in einem Brief an die Hochschulgemeinschaft.
"Keine Regierung - unabhängig davon, welche Partei an der Macht ist - sollte vorschreiben, was private Universitäten lehren dürfen, wen sie zulassen und einstellen dürfen oder welche Studien- und Forschungsbereiche sie verfolgen dürfen", so Garber.
Seit Beginn seiner zweiten Amtszeit im Januar hat US-Präsident Donald Trump einige der besten Universitäten des Landes massiv unter Druck gesetzt, weil sie seiner Meinung nach linke Überzeugungen fördern.
Lob von Obama
Die Regierung hat auch erklärt, dass Universitäten wie Harvard es zugelassen hätten, dass Antisemitismus während der Campus-Proteste gegen den israelischen Krieg im Gazastreifen im vergangenen Jahr unkontrolliert fortbestanden hätte.
Im Rahmen ihres harten Vorgehens gegen Universitäten hat die Trump-Administration die Einbehaltung von Bundesmitteln normalisiert, um akademische Einrichtungen unter Druck zu setzen, ihre Bedingungen zu akzeptieren.
Für die Columbia-Universität, eine der von der Regierung ins Visier genommenen Universitäten, wurden Mittel in Höhe von 400 Millionen Dollar (352,4 Millionen Euro) eingefroren. Im vergangenen Monat stimmte sie einigen der von der Trump-Regierung geforderten Bedingungen zu.
Der ehemalige US-Präsident Barack Obama forderte die Universitäten auf, dem Beispiel von Harvard zu folgen und sich gegen die Angriffe der Regierung zu wehren.
"Harvard hat ein Beispiel für andere Hochschulen gesetzt, indem es einen ungesetzlichen und unbeholfenen Versuch zurückgewiesen hat, die akademische Freiheit zu unterdrücken. Gleichzeitig hat sie konkrete Schritte unternommen, um sicherzustellen, dass alle Studierenden in Harvard von einem Umfeld intellektueller Forschung, rigoroser Debatten und gegenseitigem Respekt profitieren können", schrieb Obama in den sozialen Medien. "Hoffen wir, dass andere Institutionen diesem Beispiel folgen", fügte er hinzu.